U Minimaxu je moguće voditi jednostavno i dvojno knjigovodstvo neprofitnih organizacija. Te organizacije mogu biti udruge, zaklade, vjerske zajednice, fundacije, ustanove, umjetničke organizacije, komore, sindikati, udruge poslodavaca, političke stranke itd.

Kod otvaranja organizacije potrebno je odabrati vrstu organizacije neprofitna.

Nakon odabira vrste organizacije, prepiše se propisani kontni plan za neprofitne organizacije i mogu se voditi obvezne poslovne knjige i za obveznike jednostavnog i dvojnog knjigovodstva.

Jednostavno knjigovodstvo u Minimaxu je dostupno u modulu Knjigovodstvo > Jednostavno knjigovodstvo u sklopu kojega je dostupna knjiga primitaka i izdataka - KPI.
Obveznicima dvojnog knjigovodstva dnevnik knjiženja i glavna knjiga dostupni su također u modulu Knjigovodstvo > Glavna knjiga.